ซีพีเอฟมีโครงสร้างการบริหารงานแยกตามสายธุรกิจ และภายหลังการรวมกิจการที่ดำเนินธุรกิจเกษตร อุตสาหกรรมของเครือเจริญโภคภัณฑ์มาอยู่ภายใต้การบริหารงานของบริษัทในปี 2542 ซีพีเอฟได้กำหนด นโยบายการลงทุนที่ชัดเจนว่า จะลงทุนเฉพาะในธุรกิจหลักหรือธุรกิจที่เกี่ยวเนื่องกับธุรกิจหลักของซีพีเอฟเท่านั้น

ณ วันที่ 31 ธันวาคม 2549 ซีพีเอฟมีเงินลงทุนในบริษัทย่อย บริษัทร่วม และบริษัทที่เกี่ยวข้องรวม 32,762 ล้านบาท คิดเป็นสัดส่วนร้อยละ 47 ของสินทรัพย์รวมของซีพีเอฟ โดยซีพีเอฟมีนโยบายที่จะแต่งตั้งตัวแทนเข้าไปดำรงตำแหน่งเป็นกรรมการที่มีอำนาจควบคุมในบริษัทย่อย เพื่อควบคุมดูแลการบริหารงานของบริษัทย่อย ให้เป็นไปตามนโยบายของบริษัทอย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล ทั้งนี้ ซีพีเอฟสามารถติดตามผลการดำเนินงานของบริษัทต่างๆ ในกลุ่มได้จากการประชุมร่วมกันที่จัดขึ้นเป็นประจำทุกเดือน เพื่อพิจารณาถึงผลการดำเนินงานและร่วมกันวางแผนงานและเป้าหมายในเดือนต่อๆ ไป

ในการพิจารณาเข้าร่วมลงทุนในแต่ละครั้ง ซีพีเอฟอาจจะเข้าลงทุนเอง หรือให้บริษัทย่อยที่ดำเนินธุรกิจที่ เกี่ยวเนื่องกันเป็นผู้ลงทุน ทั้งนี้ หากเป็นการลงทุนในบริษัทย่อย ซีพีเอฟมีนโยบายที่จะลงทุนในสัดส่วนร้อยละ 100 เว้นแต่จะเป็นการลงทุนร่วมกันกับพันธมิตรทางธุรกิจ